Reka Pčinja nastaje od nekoliko potoka podno planine Dukat, odakle dalje teče pod imenom Tripušnica. Na njenim oblama smeštena je mala varoš Trgovište, gde se sa juga uliva Lesnička reka, odakle reka teče dalje pod imenom Pčinja. Ova 128 km duga reka napušta Srbiju kod manastira Prohor Pčinjski, vijuga kroz Makedoniju i uliva se u Vardar. Činjenica da pripada egejskom slivu čini Pčinju posebno interesantnom za ihtiološka istraživanja. Endemi poput burešlijeve brkice i mergura se u Srbiji mogu naći jedino ovde, i predstavljaju prave dragulje.
Zbog svega ovoga, ali i velikog kulturno-istorijskog značaja, Pčinja i njena okolina su proglašeni zaštićenim prirodnim dobrom, pod nazivom “Dolina reke Pčinje”. Ovaj predeo odlikuje uticaj mediteranske i submediteranske klime, koja se susreće sa kontinetalnom klimom, što za posledicu ima veliki diverzitet staništa i veliku raznovrsnost živog sveta. Neke biljke i životinje se u Srbiji mogu naći jedino u ovom području.
Nažalost, iako se nalazi u zabačenom kraju, ova reka nije imuna na probleme degradacije u raznim oblicima, sa kojima se većina naših reka suočava. Pčinja je izložena svim oblicima ribokrađe i zagađenja od strane lokalnog stanovništva.
